Ban giám hiệu nhà trường được bổ nhiệm theo quyết định số 183/QĐ-UB ngày 2/7/2003 của Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh.
Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng được bổ nhiệm theo quyết định số 3007/QĐ-UBND ngày 10/7/2007 của Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh:

Hiệu trưởng
TS. Lê Vinh Danh (English)
Ủy viên Hội đồng quản trị